계약직 합격했는데 안가면 나중에 해당 회사 지원에 불이익?

A회사 3개월 계약직 채용에 합격했는데, 이 A회사 합격 발표가 좀 미뤄지면서 늦게 발표가 나온 상황입니다. 

그래서 A회사 합격 발표가 나기 전에 

먼저 합격 발표가 나온 B회사의 6개월 인턴을 현재 4일정도 다니고 있는 상황인데요.(이땐 A회사가 붙을거라는 확신이 없어서..)

B회사에서 이미 업무를 부여받아 일을 하고 있는 상황이라 관두기는 애매해서요 ㅜㅜ

만약 A회사의 채용을 거절하면,

나중에 지금 다니고 있는 B회사 인턴을 경력으로 해서 A회사의 정직원 채용에 지원할 때, 불이익이 있을까요? 불이익을 받지 않으려면 뭐라고 하고 거절해야 될까요...ㅠ 

불이익이 있을 수밖에 없겠죠?ㅠㅠ 

3개월 계약직 vs 6개월 인턴

어떤 게 더 나은 선택지라고 보시나요ㅠ 직무는 둘 다 같은 계열입니다. 정직원으로 가는 길에 어떤 게 더 유리할까요 ㅠ?