입사지원서와 실제 인사기록 정보 상이 → 채용 불이익이 있을까요?! 도와주세요 ㅜㅡㅜ

현재 상황: 

• 입사지원서에는 주전공만 기재, 이중전공은 기재 X (사유: 딱 한 학기 총 9학점 이중전공 이수했고, 복학 하자마자 포기할 예정이어서 적지 않았습니다.. 직무 연관성은 없어요!) 
• 인턴에 합격하여서 성적 및 최종학력 증명서를 제출해야 하는데 당연히 해당 문서에는 이중전공 정보가 적혀 있어요.. 
• 물론, 사실대로 제출할 거지만 이런 경우 제가 할 수 있는 조치 혹은 채용에 문제가 있을까요?? 

짧아도 좋습니다... 괜찮은 상황인지 아닌지 현업 담당자분들 한번만 도와주세요 !!